Εγκλωβισμένο στις ενστάσεις είναι το υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου όσο αφορά τις άγονες γραμμές για τις οποίες ο διαγωνισμός δεν έχει ολοκληρωθεί. Η Επιτροπή Ενστάσεων του υπουργείου δεν έχει απαντήσει ακόμη στα αιτήματα των ακτοπλοϊκών εταιρειών που απορρίφθηκαν για τυπικούς λόγους στο διαγωνισμό για τις άγονες γραμμές στις 24 Οκτωβρίου 2012.
Η ανυπαρξία ακτοπλοϊκών δρομολογίων που θα συνδέσουν την Ικαρία με τη Χίο, νησιά της ίδιας Περιφερειακής Ενότητας, ανάγκασε το Γυμνάσιο Βολισσού να ματαιώσει τις πολιτιστικές εκδηλώσεις με τις οποίες ήθελε να τιμήσει τους εθελοντές από την Ικαρία που πολέμησαν πριν 100 χρόνια για την Απελευθέρωση της Χίου.
«Δεμένα» στα λιμάνια κινδυνεύουν να μείνουν τους επόμενους τρεις μήνες τα μισά από τα 30 περίπου επιβατηγά - οχηματαγωγά πλοία που εκτελούν δρομολόγια από τον Πειραιά, το Λαύριο και τη Ραφήνα προς τα νησιά του Αιγαίου και την Κρήτη, επειδή δεν θα υπάρχουν χρήματα να πληρωθούν τα καύσιμα τα οποία έχουν απογειωθεί και αντιστοιχούν έως και στο 60% του ημερήσιου λειτουργικού κόστους των πλοίων.
Με την υπ. αριθμ. πρωτ. Υ207/2012 απόφαση του Πρωθυπουργού κ. Αντώνη Σαμαρά μετά από εισήγηση του Υπουργού Ναυτιλίας και Αιγαίου κ. Κωστή Μουσουρούλη αίρεται η πολιτική κινητοποίηση των πληρωμάτων των δρομολογημένων Επιβατηγών, Επιβατηγών Οχηματαγωγών και Φορτηγών Οχηματαγωγών πλοίων του Εμπορικού Ναυτικού που είχε επιβληθεί με την υπ’ αριθμ. Υ290/29-11-2010 απόφαση.